在内忧外患的交迫下,咸丰帝身染重病一病不起。1861年7月咸丰帝在多次昏厥之后,知道自己将要去世便考虑托孤一事。他知道懿贵妃(就是慈禧)是权力欲极强的女人。而皇后钮钴禄氏(慈安)没有主见。为了防止出现女后专权的局面,他把辅政的重责交给协办大学士,尚书肃顺和怡亲王载垣郑亲王端华等八大臣。
在他看来八大臣联手足可以对付懿贵妃。即便是恭亲王站在懿贵妃一边也不怕,但是由于咸丰留下了"御赏"、"同道堂"两颗印章,便埋下了后宫垂帘听政的祸根。
原来"御赏"是咸丰帝赐皇后钮钻禄氏的私章。"同道堂"是咸丰帝赐给独子载淳的私章。这两枚私章成为皇权的象征。咸丰帝的意思已十分明确,就是用这两颗印章来制约八大臣。不久八大臣上了一个极有利于懿贵妃的章疏:尊皇后钮钴禄氏为慈安皇太后;尊懿贵妃叶赫那拉氏为慈禧皇太后。幼帝的生母叶赫那拉氏原为咸丰的宫人,因生载淳而被封为懿贵妃,载淳继位后被尊为慈禧太后。
时年26岁的慈禧有着极强的权势欲,很想个人把持朝政大权。咸丰在位时慈禧曾帮咸丰帝批阅奏折,这给她提供了很好的学习机会。按照清朝家法太后可以垂询国事此所谓"听政"。慈禧利用此规矩,在先帝驾崩后就向东宫慈安太后提出应废除"顾命体制"而改为垂帘听政之制。
慈安太后宽厚和平不懂朝政一切听慈禧的安排,贸然提出垂帘主张,必然会招致大臣的反对和清议的不满。慈禧于是开始拉拢恭亲王奕䜣共商计策,两人一拍即合。
1861年10月皇室护送咸丰灵柩回京。两宫太后偕幼帝载淳先到北京,11月2日慈禧发动政变以幼帝之命发布上谕,解除载垣端华肃顺的职务并处以死刑。同时宣布两太后垂帘听政命奕诉为议政王,入军机处改年号为"同治"。虽然垂帘听政的是两个皇太后,但实际上实权只掌握在慈禧一人之手。由于得到多数文武大臣的支持又采取了不予株连的明智政策,所以政局没有发生重大动荡。
这次政变因发生在辛酉年因此被称为辛酉政变。从此慈禧便掌握了清王朝的政权。她依靠曾国藩、李鸿章等组织的汉族地主武装勾结外国侵略势力,先后镇压了太平天国及其他几处起义使清王朝的统治得到暂时稳定。
中日战争中她一味求和幻想列强出面干涉调停导致了甲午战争的失败,与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。1898年,光绪帝为了振兴国家而决定变法,慈禧发动政变扼杀新政囚禁光绪帝于瀛台,开始复出训政。
1900年,八国联军入侵北京。慈禧挟光绪帝出逃西安并于第二年签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
1908年11月14日,光绪帝死她命立年仅3岁的溥仪为帝,年号宣统自己也于次日病死,结束了对清朝长达47年的统治。